Erst nach dem Tod ihres Vaters, des vermögenden Kaufmanns Cesar Cramer, konnten sich die beiden Schwestern Helene und Molly Cramer ihren Lebenstraum erfüllen und als Malerinnen arbeiten, denn der Vater war stets gegen diesen Beruf gewesen. So begannen die Schwestern 1883, ein Jahr nach dem Tod des Vaters, mit ihrer Ausbildung. Damals war Helene bereits 39 Jahre alt.
Helene lernte in Hamburg bei Carl Oesterley - ein in Hamburgs gutbürgerlichen Kreisen geschätzter Landschaftsmaler - und bei Carl Rodeck, der bekannt war für seine Darstellungen von Hafen und Stadt. Ab 1886 begann Helene Cramer ihre Bilder in ganz Deutschland und im Ausland auszustellen und setzte ihre Studien 1887 in Den Haag bei Marguerite Roosenboom fort, die damals die bedeutendste holländische Blumenmalerin war. Um 1890 ging Helene mit ihrer Schwester Molly nach Antwerpen und lernte bei Eugène Joors Blumenstillleben unter Einfluss der alten holländischen Schule.
Helene Cramer zeigte in ihren späteren Werken auch impressionistische Tendenzen.
Der Hamburger Kunstverein verloste 1900 Helene Cramers Bild „Rosen“, und ihr Werk „Primeln“ kam 1911 in die Weihnachtsverlosung des Hamburger Kunstvereins.